1813年4月，龔自珍再應順天鄉試，又名落孫山，7月，妻子因誤診卒于徽州府署。

1814年，龔自珍著四篇《明良論》，第一次明快地表露了自己的政治見解，對君權專制進行抨擊。令外祖父段玉裁閱后又驚又喜，他欣然加墨批點，認為他的論述正中當今政治要害，是別具一格的見解。后回徽州后參與父親主持的《徽州府志》重修工作。

1815年，續娶安慶知府何裕均侄孫女何吉云。祖父病逝后與家人回杭州守孝。兩年后返京，租住北京法源寺南。

1818年（嘉慶二十三年），龔自珍又應浙江鄉試，始中舉，主考官為著名漢學家高郵、王引之。

1819年（嘉慶二十四年），龔自珍應會試落選，28歲的龔自珍會試落選，在京師與魏源一起師事今文學家劉逢祿，研讀《公羊春秋》。

1820年（嘉慶二十五年），龔自珍會試再度落第，以舉人挑選為內閣中書。

從1821年（道光元年）起，又任國史館校對等官職，先后十幾年。其間，他閱讀了內閣豐富的檔案和典籍，勾索舊聞，探討歷代得失，以后又參加《大清一統志》的修撰，寫出了《西域置行省議》等有深刻見解的文章。

1829年（道光九年），龔自珍經過第六次會試，終于考中進士。他在殿試對策中仿效王安石“上仁宗皇帝言事書”，撰《御試安邊撫遠疏》，議論新疆平定準格爾叛亂后的善后治理，從施政、用人、治水、治邊等方面提出改革主張。“臚舉時事，灑灑千余言，直陳無隱，閱卷諸公皆大驚。主持殿試的大學士曹振鏞是個有名的“多磕頭、少說話”的三朝不倒翁，他以“楷法不中程”，不列優等，將龔自珍置于三甲第十九名，不得入翰林，仍為內閣中書。

1839年（道光十九年）春，由于龔自珍屢屢揭露時弊，觸動時忌，因而不斷遭到權貴的排擠和打擊，他又忤其長官，決計辭官南歸，

1839年6月4日（道光十九年四月二十三日）離京。9月又自杭州北上接還眷屬。兩次往返途中，百感交集的龔自珍寫下了許多激揚、深情的憂國憂民詩文，這便是著名的《己亥雜詩》315首。

1841年（道光二十一年）春，龔自珍執教于江蘇丹陽云陽書院。三月，父親龔麗正去世，龔自珍又兼任了原由其父主持的杭州紫陽書院講席。夏末，他曾寫信給江蘇巡撫梁章鉅，準備辭去教職，赴上海參加反抗外國侵略的戰斗。但1841年9月26日，突患急病暴卒于丹陽。

龔自珍紀念館位于杭州?城東馬坡巷6號小采園內，占地六百多平方米，1990年開館。龔自珍紀念館建于清末，屬中式宅院，為清代桐鄉人汪維所建“小米山房”，俗稱“小米園”。1988-1989年，小米園整修后作為龔自珍紀念館。館占地約0.7公頃，建筑面積498平方米，已被列入市級文物保護單位。

紀念館主體是座清代風格的兩層樓房，上下五開間，兼有耳房，雕梁畫棟，古樸典雅。館內正廳安放龔自珍半身古銅色塑像，四周懸掛沙孟海、趙樸初等名家提寫的匾額、楹聯。四個展室，陳列了龔自珍生平圖文簡介、大事年表、史料、龔氏年譜、詩選和后人研究文集等。庭院內小橋流水、假山亭榭，在花木襯托下，富有古典園林的特色。

龔自珍故居有三處：

分別位于

北京宣武門外上斜街50號

北京西城區手帕胡同21號

杭州城東馬坡巷6號小采園

杭州龔自珍故居占地600多平方米，現為龔自珍紀念館。紀念館主體是座清代風格的兩層樓房，上下五開間，兼有耳房，雕梁畫棟，古樸典雅。館內正廳安放龔自珍半身古銅色塑像，四周懸掛沙孟海、趙樸初等名家提寫的匾額、楹聯。四個展室，陳列了龔自珍生平圖文簡介、大事年表、《定？刻本》、史料、龔氏年譜、詩選和后人研究文集等。庭院內小橋流水、假山亭榭，在花木襯托下，富有古典園林的特色。