雖然朱棣宣稱在宮中找到明惠帝的尸體，并為他舉行葬禮，但朱棣對建文未死的傳言不敢掉以輕心。溥洽是建文帝主錄僧，《明史·姚廣孝傳》記載“初，帝入南京，有言建文帝為僧遁去，溥洽知狀，或言匿溥洽所。帝乃以他事禁溥洽。而命給事中胡濴等遍物色建文帝，久之不可得。溥洽坐系十馀年。”直到姚廣孝病危時請求朱棣釋放溥洽，溥洽才獲釋。
　　有野史記載，建文帝離宮后出家為僧，云游四方。有詩云：“閱罷楞言磐懶敲，笑看黃屋寄團瓢。南來嶂嶺千層迥，北望天門萬里遙。款段久忘飛鳳輦，袈裟新換袞龍袍，百官此日知何處。唯有群鳥早晚朝。”傳言此詩作者是建文帝，但未證實。
　　另有一說建文帝逃到東南亞，野史傳聞鄭和下西洋其中任務之一便是尋找建文帝。
　　建文帝的結局到底怎樣，眾說紛紜，莫衷一是，成為明史第一謎案。因為建文帝在太祖嚴苛統治之后，力行寬政，所以他的遭遇引起了無數人的同情，他的下落就格外引人好奇，在各種野史、戲劇里可以看到人們無盡的猜測和演繹。下臺后的建文帝下落，卻又成了千古疑案，眾說紛壇。主要有：
　　1.自 焚說。《太宗實錄》中記載，燕王進入金川門后，建文帝也想出來迎接燕王，然而又自嘆道：“我何面目相見耶!”，不得已下令焚 宮，頓時火光熊熊，建文帝攜皇后馬氏，跳入火中自 焚，妃嬪侍從等，大都亦隨其蹈 火而 死。燕王朱棣入宮后，清宮三日，搜查建文帝下落。宮內侍人都說建文帝已自 焚，并從火堆里扒出一具燒 焦的尸 體證明之。燕王見到尸 體，分不清男女，慘不忍睹，朱棣不勝悲戚，撫尸痛哭，說他只是前來幫助皇帝學善，你又何必自尋死路呢？其繼位稱帝后，只得以天子“禮葬建文皇帝”燕王事后，遣官致祭，輟朝三日。《明史·成祖本紀》及《明史·方孝儒傳》均持此說。近人孟森等學者也持建文帝自 焚說。
　　2.出亡說。《太宗實錄》的可靠性為人們所質疑，因為朱棣就曾經三次修改《太祖實錄》，目的就是要美化自己，為自己奪取皇位尋找冠冕堂皇的理由。《太宗實錄》所記的建文帝自 焚事，就有很多人持懷疑的態度。由于永樂朝的政治高壓、文網嚴密，對建文帝出亡之事沒有留下記載。天順、正德朝之后，嚴峻的政治環境有所好轉，關于建文帝出亡說的史料開始多起來。
　　我們發現，越是早的史料越是含糊，越是晚的史料越是具體。萬歷二年十月，13歲的神宗曾向張居正問及建文帝下落一事，張居正回答：“國史不載此事，但先朝故者相傳，言建文皇帝當靖難師入城，即削發披緇，從間道走出，后云游四方，人無知者。”可見首輔張居正也傾向于建文帝出亡之說。值得注意的是，民間傳聞已經入天子耳中，而且這時談論建文帝出亡已經不再是禁忌話題。
　　關于建文帝出亡一事，谷應泰《明史紀事本末》中的記載最具有代表性。他認為建文帝并未自 焚，而是在大臣的保護下由密道逃出南京。
　　建文四年夏六月乙丑，帝知金川門失守，長吁，東西走，欲自 殺。翰林院編修程濟曰：“不如出亡。”少監王鉞跪進曰：“昔高帝升遐時，有遺篋（qiè），曰：‘臨大難，當發。’ 謹收藏奉先殿之左。”群臣齊言：“急出之!”俄而舁（yú）一紅篋至，四圍俱固以鐵，二鎖亦灌鐵。帝見而大慟，急命舉火 焚大內，皇后馬氏赴火死。程濟碎篋，得度牒三張，一名應文，一名應能，一名應賢。袈裟、帽、鞋、剃刀俱備，白金十錠。朱書篋內：“應文從鬼門出，余從水關御溝而行，薄暮，會于神樂觀之西房。”帝曰：“數也！”程濟為帝祝發。吳王教授楊應能愿祝發隨亡，監察御史葉希賢毅然曰：“臣名賢，應賢無疑。”亦祝發。各易衣披牒。在殿凡五六十人，痛哭仆地，俱矢隨亡，帝曰：“多人不能無生得失，有等任事著名，勢必窮詰；有等妻子在任，心必縈系，宜各從便。”御史曾鳳韶曰：“愿即以死報陛下！”帝麾諸臣，大慟，引去若干人。九人從帝至鬼門，而一舟艤（yǐ）岸，為神樂觀道士王升，見帝，叩頭稱萬歲，曰：“臣固知陛下之來也。疇昔高皇帝見夢，令臣至此耳！”乃乘舟至太平門，升導至觀，已薄暮矣。俄而楊應能、葉希賢等十三人同至。
　　這段話的意思用現代白話表達是：
　　建文四年夏六月乙丑，建文帝知金川門失守，燕軍破城后，長吁短嘆，無可奈何，遂想一死了之。此時少監王鉞告訴他：你祖父臨死時，給你留下一個鐵箱子，讓我在你大難臨頭時交給你。我一直把它秘密收藏在奉先殿內。群臣急忙把箱子抬來，打開一看，里邊有三張度牒，就是做僧人的身份證，上面寫好了建文帝等三個人的名字。還放著三件僧衣、一把剃頭刀、白金十錠、遺書一封，書中寫明：“建文帝從鬼門出，其它人從水關御溝走，傍晚在神樂觀西房會集。”據此，建文帝三人剃了頭，換上了憎衣，只帶了九個人來到鬼門。鬼門在太平門內，是內城一扇小矮門。僅容一人出入，外通水道，建文帝彎著身子出了鬼門，其他八人隨之出了鬼門后，就看見水道上停放著一只小船，船上站著一位僧人，僧人招呼他們上船，并向建文帝叩首稱萬歲，建文帝問他怎么知道我有難，僧人答道：“我叫王升，是神樂觀住持，昨夜夢見你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入觀為僧。”乃乘舟至太平門，等到黃昏時才到觀里。不久楊應能、葉希賢等13人同至。
　　另外的一個疑點就是城破時沒有發現建文帝的長子。當時建文帝有兩個皇子：長子朱文奎，7歲，次子朱文圭，2歲。朱文圭，史稱建庶人，被成祖幽禁在廣安宮，直到英宗天順年間才被放出來，當時已經57歲了。由于一直被關在宮內，出來時連牛馬都分辨不清。然而作為建文帝長子的朱文奎卻一直下落不明，《明史》中說“燕師入，七歲矣，莫知所終”。既然朱文奎可以逃脫，沒有理由相信建文帝不能出亡。而且，所謂的“靖難之役”長達4年，并非朝夕之間，建文帝有充分的時間準備。朱棣進入南京時，江南、西北、西南、東南等大部分還都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力組織有效的反攻。
　　也有人指出，建文帝自 焚 身 亡是歷史真實，因為當時燕軍兵臨城下，把紫禁宮團團圍住，建文帝想逃也來不及了，更何況經考查也無鬼門、御溝逃路。建文帝也深知他的四叔是個貪權無厭、殘暴無情的武夫，落在他手里決無好下場，不如以死了之為上策。燕王朱棣也絕不會讓建文帝活下去，否則，他就不能當皇帝。
　　那么，既然建文帝有可能遜國出亡，他又去了哪里呢？綜合各種資料，有如下幾種說法：
　　2.1.遜國為僧，云游四方正如《明史紀事本末》記載，建文帝從南京逃出后，帶著楊應能、葉希賢、程濟兩比丘一道，隱名易服，云游天下。學者根據地方志、遺跡、遺址等資料考證，認為建文帝曾流亡于云南、貴州、四川、湖北、江浙、廣東等地，《明史紀事本末》說他為逃脫追捕，“西游重慶，東到天臺，轉入祥符，僑居西粵，中間結庵于白龍，題詩于羅永，兩入荊楚之鄉，三幸史彬之第”。
　　西南數省，留有很多有關建文帝的遺址和傳說。徐霞客在《徐霞客游記》中記載有建文帝曾在貴州白云山修行時遺留的遺跡：“有巨杉二株，爽立磴（dènɡ）旁，大合三人抱；西一株為火 傷其頂，乃建文君所手植也。再折而西半里，為白云寺，則建文君所開山也；前后架閣兩重。有泉一坎，在后閣前檻下，是為‘跪勺泉’。下北通閣下石竅，不盈不涸，取者必伏而勺，故名曰‘跪’，乃神龍所供建文君者。中通龍潭，時有金鯉出沒云。由閣西再北上半里，為流米洞。洞懸山頂危崖間，其門南向，深僅丈余，后有石龕，可旁為榻。其右有小穴，為米所從出流以供帝者，而今無矣。左有峽高迸，而上透明窗，中架橫板，猶云建文帝所遺者，皆神其跡者所托也。洞前憑臨諸峰，翠浪千層，環擁回伏，遠近皆出足下。洞左構閣，祀建文帝遺像（閣名‘潛龍勝跡’，像昔在佛閣，今移置此）乃巡方使胡平運所建，前瞰遙山，右翼米洞，而不掩洞門，其后即山之絕頂。”
　　一些書中還記載有建文帝的詩文，雖然無法判斷是否是后人假托，但還是有些符合建文帝身份的。下面這首詩據說是建文帝避難貴州金竺（今貴州廣順）時所作：
　　     風塵一夕忽南侵，天命潛移四海心。             鳳返丹山紅日遠，龍歸滄海碧云深。
　　     紫微有象星還拱，玉漏無聲水自沉。             遙想禁城今夜月，六宮猶望翠華臨。
　　此外，在《明史·姚廣孝傳》和《胡濙傳》里記載：明成祖朱棣當了皇帝后，對建文帝自 焚而死，也產生過懷疑，又聽說了很多傳言，有人告訴他那具燒焦的尸體是馬皇后的，建文帝削發為僧外逃了。他就把建文帝的主錄僧溥洽抓了起來關進監獄長達十余年，逼他供出建文帝下落。《明史·胡傳》載“惠帝之崩于火，或言遁去，諸舊臣多從者，帝(指成祖)疑之。(永樂)五年遣頒御制諸書，并訪仙人張邋遢，遍行天下州郡鄉邑，隱察建文帝安在，以故在外最久。”即朱棣是讓戶科都給事中胡濙以頒布御制諸書和訪尋張邋遢的名義，遍行郡、鄉、邑，搜尋建文帝的下落，前后長達16年之久。這里所說的張邋遢，就是小說中經常出現的張三豐。他是個奇人，不修邊幅，飄忽不定，據說能一日千里。成祖對胡濙偵緝建文帝的事情非常重視，不允許胡濙為母“丁憂”的請求（官員父母逝世，應守孝三年，稱為丁憂）。
　　《明史》中說：“先未至，傳言建文蹈海去，帝分遣內臣鄭和數輩浮海下西洋，至是疑始釋。”就是說，朱棣得不到確切消息，故另派鄭和下西洋“欲尋蹤跡”。
　　一直到永樂二十一年（1423年）的一個晚上，胡濙匆忙趕回北京，恰巧成祖北征駐軍宣府。胡濙趕到宣府時成祖已經睡下了，但聽說胡濙回來了，急忙穿上衣服，在臥室單獨召見。二人一直談到四更。看來胡濙是打聽到了建文的確切消息，似乎事隔多年建文帝已經沒有重奪帝位的想法了，成祖朱棣由此放心，不在究問建文帝蹤跡。
　　2.2.漂洋出海，不知所終有傳言建文帝泛舟出海，去了南洋，并在某個小島上過著自食其力的恬然隱居生活。當時中國去往南洋的人很多，據說張士誠失敗后，他的一些部下就逃往南洋，拓荒移民。近人有人考證建文帝避難泉州開元寺，并在開元寺揚帆出海，最終隱居印尼蘇門答臘島東海岸，然而沒有更多的證據，僅僅是猜測而已。
　　成祖朱棣擔心建文帝糾集當地的中國人，或者是以宗主的身份號召南洋諸國興兵，因此很不放心，特意派遣鄭和數下西洋，一為宣揚國威，一為蹤跡建文帝。據《明史》載 ：“成祖疑惠帝亡海外，欲蹤跡之，且欲耀兵異域，示中國富強。永樂三年六月，命和及其儕王景弘等通使西洋，將士卒二萬七千八百余人，多赍金幣。”在鄭和的船隊里，還有一部分是錦衣衛，專門負責偵緝，至于是否探知建文帝蹤跡,就不得而知了。
　　2.3.北京西山說 谷應泰《明史紀事本末》和鄭曉《吾學篇》中，記載有正統七年，建文帝因年紀已老，就到廣西思恩州官府，自稱是建文帝。當地官員急忙上報朝廷，將其送至京師。朝廷派老宦官吳亮前去辨認。建文帝一見到他就叫出了他的名字，吳亮否認。建文帝又說當年他進膳時，扔一片鵝肉到地上，吳亮像狗一樣趴下去吃掉。吳亮聽后伏地大哭，回去后就上吊死了。建文帝被迎入西內，老死于宮中，葬于西山，不封不樹。
　　其實這是謠言，不過還是有一定根據的。《英宗實錄》載正統五年（1440年）十一月，有個僧人從云南到廣西，自稱是建文帝，年90余歲。當地官員將其遣送到京師，大臣們懷疑他是假冒的。經過究問，他承認本名叫楊行祥，河南人，洪武17年為僧，受到別人的蠱惑才假冒建文帝的。于是英宗將其押入大牢，過了4個月就死在獄中了，同謀的12名僧人被發配到遼東守邊。
　　2.4.江蘇吳縣說 《文匯報》的記者徐作生通過查閱文獻和親自到江蘇吳縣去考察，發現了建文帝出亡時遺留下的一些遺跡、遺物，并結合文獻資料，認為建文帝當年離開紫禁宮后，削發為僧，既沒有去神樂觀，也沒有去西南、東南周游避難，而是被僧司溥洽所救，一直藏于江蘇吳縣普濟寺內，此后一心為僧，無復國之意。不多久姚廣孝歸隱禪寺，在姚廣孝的監護下，建文帝隱藏于穹窿山皇駕庵，直到永樂二十一年(1423年)病殞于此，終年47歲，葬于庵后山坡上。這也自成一說。
　　2.5.四川望京寺說 有人則認為建文帝在四川平昌佛羅寺躲藏過，并病逝于此，葬于寺后山坡上。建文帝之所以選擇佛羅寺，是喜歡這里偏僻難尋，不容易被發現。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，后人就把佛羅寺改稱望京寺。
　　2.6.還有一種說法，據《江油縣志》記載：明朝建文帝(朱允炆)兵敗歸隱此山。不詳。
　　2.7.另外，近幾年有人自稱建文帝后人，獻出《讓氏家譜》，稱建文帝通過地道逃離南京，假扮僧道，云游各地，后隱居于武昌，死后就葬在武昌洪山。當然，這一說法還有待于進一步的驗證。
　　對建文帝出亡謎案的解釋、傳說、附會決不是上面列出的幾種，有許多凄美的故事在許多書籍、口頭上流傳開來，而且也必將流傳下去。也有人指出，建文帝自 焚身亡，朱棣為了不留下“殺侄奪位”之臭名，故意苦心尋找建文帝下落，留下了歷史疑案，這可能是朱棣的用心之機。
　　綜上，朱棣在即位后，下令搜尋建文帝，這是歷史事實。但他的真實用心及建文帝的真正下落和結局到底怎樣，誰也沒有確鑿的證據，至今仍是一個難以解開的歷史之謎。各類詞書字典，只好注明：“建文帝不知所終”。(本人：讓永保 qq343530650  郵箱:ryb13387232060@163.com)